В Zen Kernel входит BFS планировщик и много других патчей.
Так же можно выбрать презеты настроек при конфигурировании (По умолчанию Desktop).

1. Установка необходимых пакетов

sudo apt-get install fakeroot kernel-package build-essential libncurses5-dev git-core

2. Клонирование дерева GIT:

sudo -s
cd /usr/src
git clone git://zen-kernel.org/kernel/zen-stable.git linux-2.6-zen
ln -s linux-2.6-zen linux
cd linux

3. Конфигурирование

Как настроить и что отключить\включить выберайте сами – по вкусу или по задачам.
make menuconfig|xconfig|gconfig  - по вкусу. Для запуска xconfig\gconfig может понадобиться доустановка библиотек qt\gtk

4. Сборка

Мы не используем sudo , т.к. раньше сделали sudo -s

make-kpkg clean  - Только если вы уже собирали в этом дереве исходников

# X в CONCURRENCY_LEVEL – это количество процессоров или ядер, которое у вас есть, для ускорения сборки.
INSTALL_MOD_STRIP=1 CONCURRENCY_LEVEL=X fakeroot make-kpkg –initrd kernel_image kernel_headers

5. Установка

cd /usr/src
sudo dpkg -i linux-image*.deb
sudo dpkg -i linux-headers*.deb
Ядро само пропишется в grub , но если хотите, можете выполнить update-grub

6. Деинсталяция , если не понравилось

dpkg -l | grep zen  - Получаем список пакетов
sudo apt-get remove  тут пакеты через пробел из списка выше
sudo эрэм эрэф /usr/src/linux-2.6-zen /usr/src/linux  - удаление исходников и симлинка.

7. Важно!
1. make-kpkg могут не понравится права на этапе сборки пакета. Лечится так:

chmod g-s /usr/src/linux-2.6-zen -R

2. Установка видеодрайверов от nvidia и amd может вызвать проблемы (старых версий в основном). Смотрите ресурсы про ZenKenrel
3. Не удаляйте дистрибутивное ядро, пригодится как запасной вариант
4. Если не создался initrd – сделайте update-initrams -c -k версия_ядра (или all ) и потом update-grub

Для сборки легковесного ядра можно взять конфиг по линку ниже и  настроить под себя. Как вариант вместо отключения всего ненужного в  дефолтном.
http://kernel-seeds.org/seeds/64_bit/zen/ - для 64бит
http://kernel-seeds.org/seeds/32_bit/zen/ - для 32бит