Рассмотрим вариант Evolution из апплета уведомлений с дальнейшей возможностью сворачивания в трей. Не лучшее решение, но все же лучше, чем есть.

Устанавливаем Alltray:

sudo apt-get install alltray

Редактируем /usr/share/applications/evolution.desktop:

sudo gedit ‘/usr/share/applications/evolution.desktop’

Первая строка должна быть:

#!/usr/bin/env xdg-open

В [Desktop Entry] редактируем параметр Exec:

alltray -s evolution –component=mail

Сохраняем. Все. Может потребоваться перезапуск апплета или просто перезагрузка.
Если нужно указать свой .desktop, то настройки апплета находятся тут:

/usr/share/indicators/messages/applications